הטבילה מלווה בברכה, וזה לשונה: "ברוך אתה ה‘ א-לוהינו מלך העולם אשר קדשנו במצוותיו וצוונו על הטבילה".
נוסח זה זהה בכל עדות ישראל, אולם עיתוי אמירת הברכה משתנה מעדה לעדה:
על פי הפסיקה הספרדית יש לברך לפני הכניסה למקווה בעוד האישה לבושה בחלוק, ומיד אחרי הברכה עליה להסירו ולטבול.
הנוהג האשכנזי הוא לטבול פעם אחת ללא ברכה ואז לברך את ברכת הטבילה בתוך מי המקווה, ולאחריה לטבול פעם נוספת. אמנם בדרך כלל אין מברכים ללא בגדים, אך בשעת הטבילה המים נחשבים ככיסוי מספיק על מנת לאפשר ברכה. יש לברך כאשר המים מכסים לפחות את פלג הגוף התחתון, ויש להקפיד שלא להסתכל לתוך המים (אל מקום הערווה) בשעת אמירת הברכה. נהוג לחצוץ בין הלב לערווה באמצעות שילוב הידיים תחת החזה. יש שנהגו לכסות גם את שיער הראש בזמן אמירת הברכה.
ברבות מעדות ישראל נהגו להוסיף על טבילות החובה טבילות נוספות. יש נשים הטובלות שלוש פעמים, ואחרות הטובלות אפילו שבע פעמים. מנהגים אלו כולם טובים להלכה, וכל אישה תנהג בנושא זה כמנהג אימה.
כאמור, על מנת שהטבילה תהיה כשרה, צריך שכל גופה ושערה של הטובלת יימצאו בבת אחת בתוך מי המקווה. כדי שטבילה כזו אכן תתרחש, הגוף צריך להיות רפוי כך שהמים יוכלו להגיע לכל המקומות הגלויים בעת ובעונה אחת. הטובלת צריכה לעמוד במים כאשר זרועותיה אינן צמודות לגופה, רגליה אינן צמודות זו לזו, ידיה פתוחות ואצבעות ידיה מופרדות מעט, עיניה ופיה סגורים באופן רפוי, והיא נוטה מעט קדימה. בכדי לאפשר למים לגעת בכל חלקי הגוף יש להרטיב את הגוף כולו במי המקווה ורק אחר כך לטבול באופן רפוי. ראוי להשתדל להרטיב אזורים נסתרים כגון בית השחי, קפלי שומן, והאזור שתחת החזה, אף שהם נחשבים ל"בית הסתרים" ואם לא יגיעו אליהם מים הטבילה תהיה כשרה כל עוד לא היו עליהם חציצות.
ברוב קהילות ישראל המנהג הוא לטבול בעמידה – במאונך, אך מנהג חב"ד הוא לטבול במאוזן. מי המקווה צריכים להיות עמוקים דיים כדי לאפשר טבילה של כל הגוף כאחד, וישנן מדרגות המובילות אל תוך המקווה. במקרה שבו יש לאישה קושי לרדת במדרגות, ניתן להתייעץ עם הצוות המקווה כדי למצוא את הדרך הנכונה לסייע לה להצליח לטבול במקווה כדין. ניתן למצוא במאגר המקוואות הארצי את מספרי הטלפון של הבלניות והמקוואות ברחבי הארץ, וכן את פרטיהם של מקוואות מיוחדים המותאמים לטבילת נשים נכות.
